运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令添加gmap环境变量。

   export PATH=/path/to/GMAP/Install/bin:$PATH

3. 执行以下命令修改配置文件。
   1. 打开配置文件。

      cp /path/to/PASA/PASApipeline-pasa-v2.4.1/pasa_conf/pasa.CONFIG.template /path/to/PASA/PASApipeline-pasa-v2.4.1/pasa_conf/conf.txt
      vim /path/to/PASA/PASApipeline-pasa-v2.4.1/pasa_conf/conf.txt

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      MYSQLSERVER=localhost
      MYSQL_RO_USER=test
      MYSQL_RO_PASSWORD=123456
      MYSQL_RW_USER=pasa
      MYSQL_RW_PASSWORD=123456

   3. 修改完成后，按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

4. 执行以下命令进入算例目录。

   cd /path/to/PASA/PASApipeline-pasa-v2.4.1/sample_data

5. 执行以下命令修改配置文件。

   cp /path/to/PASA/PASApipeline-pasa-v2.4.1/pasa_conf/pasa.alignAssembly.Template.txt alignAssembly.config
   vi alignAssembly.config
   DATABASE=sample_data

   修改完成后输入:wq!保存退出。

6. 执行以下命令运行用例。

   gzip -d genome_sample.fasta.gz
   { time Launch_PASA_pipeline.pl -c  alignAssembly.config -C -R -g genome_sample.fasta -t all_transcripts.fasta.clean -T -u all_transcripts.fasta -f FL_accs.txt --ALIGNERS blat,gmap --CPU 96; } 2>&1 |tee PASA.log

   需要查看PASA.log日志，日志中打印Finished表示PASA正常结束。

   输出的结果样例如图1所示。

   图1 结果样例