运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令建立算例文件夹，并复制算例文件。

   mkdir /path/to/PBLAT/test
   cp hg19.fa.gz /path/to/PBLAT/test
   cp NONCODEv5_human.fa.gz /path/to/PBLAT/test

3. 执行以下命令进入算例目录。

   cd /path/to/PBLAT/test

4. 执行以下命令处理算例文件。

   gzip -d hg19.fa.gz
   gzip -d NONCODEv5_human.fa.gz
   cat NONCODEv5_human.fa | grep -v "^#" | head -799996 > test-799996.fa

5. 执行以下命令进行测试。

   { time pblat -threads=96 hg19.fa test-799996.fa out.psl ; } 2>&1 |tee pblat-kunpeng.log

   需要查看“pblat-kunpeng.log”日志中的“real”数值，单位是“s”，数值越小性能越优。

   输出的结果样例如图1所示。

   图1 结果样例