编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令安装相关依赖包。

   yum install ncurses-devel.aarch64 bzip2-devel.aarch64 xz-devel.aarch64 java-1.8.0-openjdk-devel.aarch64 -y

3. 执行以下命令进入“SAMTOOLS”目录。

   cd /path/to/SAMTOOLS

4. 执行以下命令解压Samtools工具包。

   tar -xvf samtools-0.1.9.tar.gz

5. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd samtools-0.1.9

6. 执行以下命令获取GNU的绝对路径。

   which gcc

7. 执行以下命令修改“Makefile”文件。
   1. 打开“Makefile”文件。

      vi Makefile

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      修改前：

      CC     = gcc

      修改后：

      CC     = /path/to/GNU/bin/gcc

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

8. 执行以下命令进行编译安装。

   make

9. 执行以下命令添加Samtools环境变量。

   export PATH=/path/to/SAMTOOLS/samtools-0.1.9:$PATH

10. 执行以下命令进入“PICARD”目录。

    cd /path/to/PICARD

11. 执行以下命令测试Picard环境。

    java -jar picard.jar

    回显显示如下信息，表示环境正常。