运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令拷贝用例文件并进入测试目录。

   cp SRR742200_1.fastq.gz /path/to/TESTCASE
   cp SRR742200_2.fastq.gz /path/to/TESTCASE
   cp GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz /path/to/TESTCASE
   cp hg19.fa.gz /path/to/TESTCASE
   cd /path/to/TESTCASE

3. 执行以下命令解压算例文件。

   gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
   gzip -d SRR742200_2.fastq.gz
   gzip -d hg19.fa.gz
   gzip -d GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz

4. 执行以下命令重命名为“hs38DH.fasta”文件。

   mv GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna hs38DH.fasta

5. 执行以下命令添加BWA环境变量。

   export PATH=/path/to/BWA/bwa-0.7.17:$PATH
   export PLATFORM="Illumina"
   export RG_ID="L1"
   export LIB="pt2"
   export SAMPLE=SRR742200

6. 执行以下命令处理用例文件。

   bwa index -a bwtsw hg19.fa
   bwa mem -t 96 -o SRR742200.sam -M -R "@RG\tID:$RG_ID\tPL:$PLATFORM\tSM:$SAMPLE\tCN:$LIB" hg19.fa SRR742200_1.fastq SRR742200_2.fastq

7. 执行以下命令使用Samtools工具转换格式并排序。

   samtools view -bS SRR742200.sam > SRR742200.bam
   samtools sort $SAMPLE.bam $SAMPLE.sort

8. 执行以下命令运行用例。

   { time java -jar picard.jar CollectAlignmentSummaryMetrics R=hs38DH.fasta I=SRR742200.sort.bam O=output.txt; } 2>&1 |tee picard.log

   运行结束后，会在当前目录下生成“output.txt”和“picard.log”文件，其中“output.txt”为结果文件，“picard.log”为运行日志。

   需要查看“picard.log”日志中的“Elapsed time”数值，单位是“minutes”，数值越少性能越优。

   输出的结果样例如图1所示。

   图1 结果样例