操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。

执行以下命令进入安装目录并解压软件包。

cd /path/to/PLATANUS && tar -zxf Platanus_v1.2.4.tar.gz && cd Platanus_v1.2.4

执行以下命令修改“Makefile”文件。
1. 打开“Makefile”文件。
```
vi Makefile
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改第1行和第2行的内容。
  修改前：
```
1 CXX = g++
2 CXXFLAGS = -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -finline-limit-50000 -lm -Dnullptr=0
```
  修改后：
```
1 CXX = clang++
2 CXXFLAGS = -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -lm -Dnullptr=0
```
  执行3.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令修改“counter.h”文件。

打开“counter.h”文件。
```
vi counter.h
```

按“i”进入编辑模式，修改第426、455、684行的内容。

修改前：

426             countKmerOrWriteTemporary(loopFlag, key, tmpOccurrenceTable, unmappedFP, lock, kmer);
455 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, DoubleHash<typename KMER::keyType, unsigned short> tmpOccurrenceTable[], FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes=32)
684 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes=32)

修改后：

426             countKmerOrWriteTemporary(loopFlag, key, tmpOccurrenceTable, unmappedFP, lock, kmer, 32);
455 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, DoubleHash<typename KMER::keyType, unsigned short> tmpOccurrenceTable[], FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes)
684 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes)

执行4.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。

按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令修改“graph.h”文件。
1. 打开“graph.h”文件。
```
vi graph.h
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改第1764行的内容。
  修改前：
```
1764 void BruijnGraph<KMER>::cutBranchIterative(const unsigned long long numThread=1)
```
  修改后：
```
1764 void BruijnGraph<KMER>::cutBranchIterative(const unsigned long long numThread)
```
  执行5.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令修改“scaffoldGraph.cpp”文件。
1. 打开“scaffoldGraph.cpp”文件。
```
vi scaffoldGraph.cpp
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改第2280行的内容。
  修改前：
```
2280             if (abs(insertLength - averageInsSize) > tolerence) continue;
```
  修改后：
```
2280             if (std::fabs(insertLength - averageInsSize) > tolerence) continue;
```
  执行6.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令修改“baseCommand.cpp”文件。
1. 打开“baseCommand.cpp”文件。
```
vi baseCommand.cpp
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改第175行的内容。
  修改前：
```
175     for (;moveArgs != '\0'; ++moveArgs) {
```
  修改后：
```
175     for (;*moveArgs != '\0'; ++moveArgs) {
```
  执行7.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令编译安装Platanus。
```
make
```

编译和安装

操作步骤