安装blast+

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令下载安装包。

    cd /path/to/blast+
    wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.13.0/ncbi-blast-2.13.0+-src.tar.gz

  3. 执行以下命令解压安装包。

    tar xvf ncbi-blast-2.13.0+-src.tar.gz

  4. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd ncbi-blast-2.13.0+-src
    export BLAST_TOP=`pwd`

  5. 执行以下命令下载并解压LMDB。

    wget https://github.com/LMDB/lmdb/archive/refs/tags/LMDB_0.9.24.tar.gz
    tar xvf LMDB_0.9.24.tar.gz
    export LMDB_PATH=$BLAST_TOP/lmdb-LMDB_0.9.24

  6. 执行以下命令进入blast+目录下的c++目录。

    cd $BLAST_TOP/c++

  7. 执行以下命令生成配置文件。

    ./configure

  8. 执行以下命令编译。

    cd ReleaseMT/build
    make all_r -j40

  9. 执行以下命令设置环境变量。

    export PATH=/path/to/blast+/ncbi-blast-2.13.0+-src/c++/ReleaseMT/bin:$PATH