编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建conda环境安装相关依赖。

   conda create --name pyem --clone base
   conda activate pyem

3. 执行以下命令安装FFTW依赖。

   yum install fftw3 --installroot=/root/anaconda3/envs/pyem/lib/python3.8/site-packages
   wget http://fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz
   tar xvf fftw-3.3.8.tar.gz
   cd fftw-3.3.8
   ./configure --prefix=/root/anaconda3/envs/pyem/lib/python3.8/site-packages/FFTW --enable-shared --enable-static --enable-fma --enable-neon
   make -j 32
   make install
   pip3 install pyfftw --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple

4. 执行以下命令安装healpy、pathos、natsort、numpy依赖。

   conda update --all
   conda install -c conda-forge healpy pathos
   conda install natsort numpy==1.20.1

5. 执行以下命令解压pyem安装包。

   tar xvf pyem-0.5.tar.gz

6. 执行以下命令进入解压后目录。

   cd pyem-0.5

7. 执行以下命令安装pyem。

   pip3 install --no-dependencies -e .

   

   安装成功后提示“Successfully installed pyem”。

8. 执行以下命令修改“projection_subtraction.py”文件。
   1. 打开“projection_subtraction.py”文件。

      vi projection_subtraction.py

   2. 按“i”进入编辑模式，删除第291行中的version="projection_subtraction.py 2.1b"。

      修改前：

      291 parser = argparse.ArgumentParser(version="projection_subtraction.py 2.1b")

      修改后：

      291 parser = argparse.ArgumentParser()

      

      执行8.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。