运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入pysam源代码目录下的“pysam-0.15.4/tests/pysam_data/”文件夹，找到算例“example_aligned_pairs.sam”。

   cd tests/pysam_data/

3. 执行以下命令运行pysam。

   python3
   import pysam
   samfile = pysam.AlignmentFile("example_aligned_pairs.sam")
   samfile.count()

   输出结果示例52，成功运行pysam解析“sam”文件。