编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入目录解压安装包。

   cd /path/to/RepeatModeler
   tar -xvf 2.0.1.tar.gz
   cd RepeatModeler-2.0.1

3. 执行以下命令编译文件。

   perl ./configure

   若提示缺少模块，则使用cpan -i *安装（*表示模块名），例如：

   

   cpan -i JSON
   cpan -i LWP::UserAgent

   安装好所有模块后，重新执行perl ./configure。

   

   按回车键。

   

   输入“/usr/bin/perl”使用系统自带的Perl，按回车键。

   

   输入RepeatMasker的安装目录“/path/to/RepeatMasker/RepeatMasker”，按回车键。

   

   输入RECON的安装目录“/path/to/RepeatMasker/RECON-1.08/src”，按回车键。

   

   输入RepeatScout的安装目录“/path/to/RepeatScout/RepeatScout_install”，按回车键。

   

   输入TRF的安装目录“/path/to/RepeatMasker/TRF_install/bin/trf”，按回车键。

   

   输入“1”，按回车键，使用RMBlast。

   

   输入RMBlast的安装目录“/path/to/rmblast/rmblast_install/bin”，按回车键。

   

   配置RMBlast完成，输入“3”，按回车键。

   

   输入“n”，按回车键。

   最后安装成功，提示“Congratulations! RepeatModeler is now ready to use.”。