介绍

RSEM是一个软件包，用于从RNA-Seq数据中估计基因和异构体的表达水平。RSEM软件包提供了一个用户友好的界面，支持并行计算EM算法、单端和双端读取数据、质量分数、可变长度读取和RSPD估计的线程。此外，它还提供表达水平的后验均值和95%可信区间估计。对于可视化，它可以在转录坐标和基因组坐标中生成BAM和Wiggle文件。UCSC Genome browser和Broad Institute的Integrative Genomics Viewer（IGV）都可以查看基因组坐标文件。成绩单坐标文件可以通过IGV可视化。RSEM也有自己的脚本来生成pdf格式的转录阅读深度图。RSEM的独特之处在于，读取深度图可以堆叠，读取深度有助于以黑色显示的独特读取，并有助于以红色显示的多读取。此外，从数据中学习的模型也可以可视化。最后但同样重要的是，RSEM包含一个模拟器。

关于RSEM的更多信息请访问RSEM官网。

语言：C++/C。

一句话描述：从RNA-Seq数据准确定量基因和亚型表达。

开源协议：自定义开源协议。