测试与验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令列出SnpEff支持的数据库（基因组）。

   java -jar snpEff.jar databases

3. 执行以下命令进入“snpEff”目录。

   cd /path/to/SNPEFF/snpEff

4. 执行以下命令输出带注释的文本。

   java -jar snpEff.jar -v GRCh37.75 /path/to/SNPEFF/snpEff/examples/test.chr22.vcf  >  test.chr22.out.vcf

   执行完成后会产生3个文件：“snpEff_genes.txt”、“snpEff_summary.html”和“test.chr22.out.vcf”。

   输出示例结果如下图所示。