编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“SOAPDENOVO”目录。

   cd /path/to/SOAPDENOVO

3. 执行以下命令解压“SOAPdenovo2-r241.tar.gz”。

   tar -xvf SOAPdenovo2-r241.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd SOAPdenovo2-r241

5. 执行以下命令修改“standardPregraph/hashFunction.c”文件。
   1. 打开“standardPregraph/hashFunction.c”文件。

      vi standardPregraph/hashFunction.c

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      修改前：

      static uint32_t cpuid ( uint32_t functionInput )
      {
      uint32_t eax;
      uint32_t ebx;
      uint32_t ecx;
      uint32_t edx;
      #ifdef __PIC__
      asm ( "pushl %%ebx\n\t" /* save %ebx */
      "cpuid\n\t"
      "movl %%ebx, %[ebx]\n\t" /* save what cpuid just put in %ebx */
      "popl %%ebx" : "=a" ( eax ), [ebx] "=r" ( ebx ), "=c" ( ecx ), "=d" ( edx ) : "a" ( functionInput )
      : "cc" );
      #else
      asm ( "cpuid" : "=a" ( eax ), "=b" ( ebx ), "=c" ( ecx ), "=d" ( edx ) : "a" ( functionInput ) );
      #endif
      return ecx;
      }

      修改后：

      static uint32_t cpuid ( uint32_t functionInput )
      {
      uint32_t eax;
      uint32_t ebx;
      uint32_t ecx;
      uint32_t edx;
      
      #ifdef __aarch64__
      ecx = 0x0;
      #else
      #ifdef __PIC__
      asm ( "pushl %%ebx\n\t" /* save %ebx */
      "cpuid\n\t"
      "movl %%ebx, %[ebx]\n\t" /* save what cpuid just put in %ebx */
      "popl %%ebx" : "=a" ( eax ), [ebx] "=r" ( ebx ), "=c" ( ecx ), "=d" ( edx ) : "a" ( functionInput )
      : "cc" );
      #else
      asm ( "cpuid" : "=a" ( eax ), "=b" ( ebx ), "=c" ( ecx ), "=d" ( edx ) : "a" ( functionInput ) );
      #endif
      #endif
      return ecx;
      }

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

6. 执行以下命令安装samtools。

   yum install samtools

7. 执行以下命令开始编译。

   make

8. 执行以下命令测试SOAPdenovo环境。

   ./SOAPdenovo-63mer

   回显显示如下信息，表示环境正常。