编译和安装

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令进入SPIDER安装目录。

    cd /path/to/SPIDER

  3. 执行以下命令解压安装包。

    tar -xvf spiderweb.24.08.tar.gz

  4. 执行以下命令进入解压后Web模块编译目录。

    cd web/src

  5. 执行以下命令安装依赖包。

    yum install motif libXp libXt libX11 libSM libxcb libXau libXp-devel motif-devel

    执行echo $DISPLAY命令后,若无输出请重新打开shell窗口查看。

  6. 执行以下命令开始编译Web模块。

    make -f Makefile_linux_dir64

  7. 执行以下命令进入解压后SPIDER模块编译目录。

    cd ../../spider/src

  8. 修改配置文件,详见表1

    表1 修改配置文件

    文件名称

    操作步骤

    star2doc.f

    1. 执行以下命令打开“star2doc.f”文件。
      vi star2doc.f
    2. 执行以下命令设置行号。
      :set nu
    3. 按“i”进入编辑模式。修改第358行内容如下:
      358  READ(CTOKEN(1:NCHAR),*) IDLIST
    4. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

    pw3sr.f

    1. 执行以下命令打开“pw3sr.f”文件。
      vi pw3sr.f
    2. 执行以下命令设置行号。
      :set nu
    3. 按“i”进入编辑模式。修改第37行、第38行内容如下:
      37  INTEGER      :: NX,NY,NZ
      38  REAL         :: Q(NX+2-MOD(NX,2),NY,NZ)
    4. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

    pw2sr.f

    1. 执行以下命令打开“pw2sr.f”文件。
      vi pw2sr.f
    2. 执行以下命令设置行号。
      :set nu
    3. 按“i”进入编辑模式。修改第241行、第242行内容如下:
      241  INTEGER      :: NX,NY
      242  REAL         :: Q(NX+2-MOD(NX,2), NY)
    4. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

    pr3d.f

    1. 执行以下命令打开“pr3d.f”文件。
      vi pr3d.f
    2. 执行以下命令设置行号。
      :set nu
    3. 按“i”进入编辑模式。修改第88行内容如下:
      88  WANTSQRTS = (FSCOP .eqv. .TRUE.)
    4. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

    Makefile_linux.gfort

    1. 执行以下命令打开“Makefile_linux.gfort”文件。
      vi Makefile_linux.gfort
    2. 执行以下命令设置行号。
      :set nu
    3. 按“i”进入编辑模式。修改第39行内容如下:
      39  FFTWLIBDIR = path/to/fftw/lib
    4. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  9. 执行以下命令编译SPIDER模块。

    yum install gcc-gfortran.aarch64
    make -f Makefile_linux.gfort