由布罗德研究所和耶路撒冷希伯来大学开发的Trinity代表了一种从RNA-seq数据高效、可靠地从头重建转录组的新方法。Trinity结合了三个独立的软件模块:Inchworm,Chrysalis和Butterfly,这些模块依次应用于处理大量RNA-seq读取。Trinity将序列数据划分为许多个独立的de Bruijn图,每个图代表给定基因或基因座的转录复杂性,然后独立处理每个图以提取全长剪接同工型,并挑出源自旁系基因的转录本。
关于Trinity的更多信息请访问Trinity官网。
语言:Perl。
一句话描述:基因组装。
建议使用的版本为“Trinity 2.11.0”。