编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令安装相关依赖包。

   yum install ncurses-devel.aarch64 bzip2-devel.aarch64 xz-devel.aarch64 java-1.8.0-openjdk-devel.aarch64 -y

3. 执行以下命令进入“SAMTOOLS”目录。

   cd /path/to/SAMTOOLS

4. 执行以下命令解压Samtools工具包。

   tar -xvf samtools-1.10.tar.gz

5. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd samtools-1.10

6. 执行以下命令进行配置。

   ./configure --prefix=/path/to/SAMTOOLS/samtools-1.10-build

7. 执行以下命令进行编译安装。

   make -j16
   make install

8. 执行以下命令添加Samtools环境变量。

   export PATH=/path/to/SAMTOOLS/samtools-1.10-build/bin:$PATH

9. 执行以下命令进入VarScan目录。

   cd /path/to/VARSCAN

10. 执行以下命令解压“varscan-2.4.2.tar.gz”。

    tar -xvf varscan-2.4.2.tar.gz

11. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd varscan-2.4.2

12. 执行以下命令测试VarScan环境。

    java -jar VarScan.v2.4.2.jar

    回显显示如下信息，则表示环境正常。