运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令拷贝用例文件并进入测试目录。

   cp hg19.fa /path/to/VARSCAN/varscan-2.4.2
   cp bwa.sam /path/to/VARSCAN/varscan-2.4.2
   cd /path/to/VARSCAN/varscan-2.4.2

3. 执行以下命令使用Samtools工具转换格式并排序。

   samtools view -bS bwa.sam > bwa.bam
   samtools sort -@96 -o bwa.sort.bam bwa.bam

4. 执行以下命令使用Samtools工具处理用例文件。

   samtools mpileup -f hg19.fa bwa.sort.bam > myData.pileup

5. 执行以下命令运行用例。

   { time java -jar VarScan.v2.4.2.jar pileup2snp myData.pileup > VarScan.vcf ; } 2>&1 |tee varscan.log

   运行结束后，会在当前目录下生成“VarScan.vcf”和“varscan.log”文件，其中“VarScan.vcf”为用例对比结果文件，“varscan.log”为运行日志。

   需要查看“varscan.log”日志中的“real”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。

   输出的结果样例如图1所示。

   图1 结果样例