编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建主程序安装目录。

   mkdir -p /path/to/VELVET

3. 执行以下命令复制安装包至主程序安装目录。

   cp velvet_1.2.10.tgz /path/to/VELVET

4. 执行以下命令进入主程序安装目录。

   cd /path/to/VELVET

5. 执行以下命令解压安装包。

   tar -xvf velvet-1.2.10.tar.gz

6. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd velvet-1.2.10

7. 执行以下命令设置线程数和线程限制。

   export OMP_NUM_THREADS=96
   export OMP_THREAD_LIMIT=95

   

   • OMP_NUM_THREADS是线程数，线程数=CPU核数。
   • OMP_THREAD_LIMIT是线程限制，线程限制=CPU核数-1。

8. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

   sed -ri 's/\-m64/\-mabi=lp64/g' Makefile

9. 执行以下命令编译安装软件。

   make 'GATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=57' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'

   编译完成后会生成“velveth”和“velvetg”两个可执行文件。