运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建并进入测试目录。

   mkdir -p /path/to/ ensembl-vep-release-104.3
   cd /path/to/ ensembl-vep-release-104.3

3. 执行以下命令运行VEP。

   ./vep -i examples/homo_sapiens_GRCh38.vcf -o output.txt –cache

   

   若无法连接ensembldb.ensembl.org，需下载缓存文件（请参见6），并使用离线模式。

   ./vep -i examples/homo_sapiens_GRCh38.vcf -o output.txt –cache

   

   

   生成“output.txt”文件表示运行成功。

4. 查看HTML文件。