编译和安装

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令进入主程序安装目录。 

    cd /path/to/VMD

  3. 执行以下命令解压安装包。 

    tar -xvf vmd-1.9.4a55.src.tar.gz

  4. 执行以下命令进入解压后路径。 

    cd vmd-1.9.4a55

  5. 执行以下命令安装fltk。 

    yum install fltk fltk-devel

  6. 执行以下命令安装actc。

    1. 执行以下命令创建并进入“actc”目录。 
      mkdir -p /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/actc
cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/actc
    2. 下载actc安装包。

      下载地址：https://sourceforge.net/projects/actc/

    3. 执行以下命令解压安装包。 
      tar xvf actc-1.1.tar.gz
    4. 执行以下命令编译actc。 
      mv actc-1.1/* ./
make

      若回显信息中有“libactc.a”，则表示编译成功。需要额外信息请查看README。

  7. 执行以下命令安装stride。

    1. 执行以下命令进入“stride”目录。 
      cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride
    2. 下载stride安装包。

      下载地址：http://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/stride.tar.gz

    3. 执行以下命令解压安装包。 
      tar xvf stride.tar.gz
    4. 执行以下命令安装stride。 
      make
    5. 执行以下命令创建软连接。 
      ln -s /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/stride /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/stride_LINUXARM64

  8. 执行以下命令安装surf。

    1. 执行以下命令进入“surf”目录。 
      cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/surf
    2. 执行以下命令解压安装包。 
      tar xvf surf.tar.Z
    3. 执行以下命令安装surf。 
      yum install imake
make depend
make surf
    4. 执行以下命令创建软连接。 
      ln -s /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/surf /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/surf_LINUXARM64

  9. 执行以下命令安装vrpn。

    1. 执行以下命令创建并进入“vrpn”目录。 
      mkdir -p /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/vrpn
cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/vrpn
    2. 下载vrpn安装包。

      下载地址：https://github.com/vrpn/vrpn

    3. 执行以下命令解压安装包。 
      unzip vrpn-master.zip
    4. 执行以下命令安装vrpn。 
      mv vrpn-master/* ./
mkdir build
cd build
yum install cmake libarchive
cmake ../ -DCMAKE_INSTAL_PREFIX=/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/vrpn/
make && make install

  10. 执行以下命令安装tachyon。

    1. 执行以下命令进入“tachyon”目录。 
      cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon
    2. 下载tachyon安装包。

      下载地址：http://jedi.ks.uiuc.edu/~johns/raytracer/files/0.99b6/tachyon-0.99b6.tar.gz

    3. 执行以下命令解压安装包。 
      tar xvf tachyon-0.99b6.tar.gz
    4. 执行以下命令进入安装包“unix”目录。 
      cd tachyon/unix
    5. 执行以下命令修改配置文件“Make-config”。
      1. 打开配置文件“Make-config”。 
        vi Make-config
      2. 按“i”进入编辑模式，将支持JPEG和PNG部分全部注释掉。

        修改前：

        169 USEJPEG=
170 JPEGINC=
171 JPEGLIB=
…
189 USEPNG=
190 PNGINC=
191 PNGLIB=

        修改后：

        169 #USEJPEG=
170 #JPEGINC=
171 #JPEGLIB=
…
189 #USEPNG=
190 #PNGINC=
191 #PNGLIB=

        执行10.e.i之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

      3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
    6. 执行以下命令去除-m64编译参数。 
      sed -i "s/-m64//" Make-arch

    7. 执行以下命令修改“spaceball.c”文件。
      1. 打开“spaceball.c”文件。 
        cd ../ demosrc
vi spaceball.c
      2. 按“i”进入编辑模式，将第35行的port修改为serialport，以及在第109、110、111行添加括号。

        修改前：

        35   if (port != NULL) {
…
109   if ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_PICK) && (buttons & SBALL_BUTTON_PICK)) ||
110       (buttonchanged & SBALL_BUTTON_1) && (buttons & SBALL_BUTTON_1)) ||
111       (buttonchanged & SBALL_BUTTON_LEFT) && (buttons & SBALL_BUTTON_LEFT)) ) {

        修改后：

        35   if (serialport != NULL) {
…
109   if (((buttonchanged & SBALL_BUTTON_PICK) && (buttons & SBALL_BUTTON_PICK)) ||
110       ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_1) && (buttons & SBALL_BUTTON_1)) ||
111       ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_LEFT) && (buttons & SBALL_BUTTON_LEFT)) ) {

        执行10.g.i之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

      3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
    8. 执行以下命令安装tachyon。 
      cd ../unix
make linux-64-thr
    9. 执行以下命令创建软连接。 
      ln –s  /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr/tachyon /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon_LINUXARM64

  11. 执行以下命令安装Tcl/Tk 8.5。

    1. 下载Tcl、Tk的rpm包。

      Tcl下载地址：https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tcl-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm

      https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tcl-devel-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm

      Tk下载地址：https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tk-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm

      https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tk-devel-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm

    2. 使用SFTP工具将Tcl、Tk的rpm包上传至服务器“/path/to/rpm”目录。
    3. 执行以下命令安装Tcl、Tk。 
      cd /path/to/rpm
rpm –ivh tcl-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm
rpm –ivh tcl-devel-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm
rpm –ivh tk-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm
rpm –ivh tk-devel-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm

  12. 执行以下命令编译plugins。

    1. 执行以下命令进入“plugins”目录。 
      cd /path/to/VMD/plugins
    2. 执行以下命令设置Tcl头文件和库文件环境变量。 
      export TCL_INCLUDE_DIR=/usr/share/tcl8.5
export TCL_LIBRARY_DIR=/usr/lib64/tcl8.5
    3. 执行以下命令编译。 
      make LINUXARM64
mkdir /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/plugins
export PLUGINDIR=/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/plugins
make distrib

  13. 执行以下命令编译VMD。

    1. 执行以下命令进入“vmd-1.9.4a55”目录。 
      cd /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/
    2. 执行命令修改配置文件。
      1. 打开配置文件。 
        vi configure
      2. 按“i”进入编辑模式。
        • 设置安装路径信息。 
          $install_bin_dir="/path/to/vmd/ vmd-1.9.4a55/bin";
$install_library_dir="/path/to/vmd/ vmd-1.9.4a55/lib/vmd";
        • 设置tachyon环境变量。 
          $libtachyon_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon";
$libtachyon_include="-I/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/src";
$libtachyon_library="-L"/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr;
        • 修改LINUXARM64的$arch_nvccflags参数，注释掉"-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " 。

          修改前：

          16 $install_bin_dir="/usr/local/bin";
17
18 # Directory where VMD files and executables are installed
19 $install_library_dir="/usr/local/lib/$install_name";
…
1354 $libtachyon_dir         = "$vmd_library_dir/tachyon";
1355 $libtachyon_include     = "-I$libtachyon_dir/include";
1356 $libtachyon_library     = "-L$libtachyon_dir/lib_$config_arch";
…
2627                     "-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " .

          修改后：

          16 $install_bin_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/bin";
17
18 # Directory where VMD files and executables are installed
19 $install_library_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/vmd";
…
1354 $libtachyon_dir         = "/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon";
1355 $libtachyon_include     = "-I/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/src";
1356 $libtachyon_library     = "-L/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr";
…
2627   #"-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " .

          执行13.b.i之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

      3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
    3. 执行以下命令编译。 
      ./configure LINUXARM64 EGLPBUFFER CUDA IMD LIBTACHYON ZLIB COLVARS TCL PTHREADS SILENT
cd src && make veryclean
make

      若显示中出现“No resource compiler required on this platform”，表示编译顺利。

      make install

      若回显信息中显示"Make sure /Projects/vmd/ vmd-1.9.4a55/bin is in your path.VMD installation complete. Enjoy!"，表示安装成功。

父主题： VMD 1.9.4 移植指南（CentOS 8.2）