编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入主程序安装目录。

   cd /path/to/VELVET

3. 执行以下命令解压安装包。

   tar -xvf velvet-1.2.10.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd velvet-1.2.10

5. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

   sed -i '1s/gcc/clang/g' Makefile

6. 执行以下命令编译安装MetaVelvet。

   make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=57' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'

   编译完成后会生成“Velveth”和“Velvetg”两个可执行文件。

7. 执行以下命令加载到环境变量。

   export PATH=`pwd`:$PATH

8. 执行以下命令进入MetaVelvet安装目录。

   cd contrib/MetaVelvet-v1.2.01/

9. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

   sed -i '1s/gcc/clang/g' Makefile
   sed -i '2s/g++/clang++/g' Makefile
   sed -i "3s%$% -I../../third-party/zlib-1.2.3/%g" Makefile

10. 执行以下命令编译安装MetaVelvet。

    make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=57'

11. 执行以下命令加载到环境变量。

    export PATH=`pwd`:$PATH