运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令新建算例目录并进入目录。

   mkdir /path/to/VELVET/testcase
   cd /path/to/VELVET/testcase

3. 将下载好的算例文件上传至目录中。
4. 执行以下命令解压算例文件。

   tar zxvf HMP.small.tar.gz

5. 执行以下命令运行可执行文件“velveth”， 准备数据。

   velveth out-dir 51  -fasta -shortPaired HMP.small/SRR041654_shuffled.fasta HMP.small/SRR041655_shuffled.fasta

6. 执行以下命令运行可执行文件“velvetg”, 进行基因组组装。

   velvetg out-dir -exp_cov auto -ins_length 260

7. 执行以下命令运行meta-velvetg输出组装结果。

   meta-velvetg out-dir -ins_length 260