编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入主程序安装目录。

   cd /path/to/SVIM

3. 执行以下命令创建虚拟Python环境。

   python -m venv test
   python3 -m venv test
   source test/bin/activate

4. 执行以下命令安装依赖。

   pip install --upgrade pip --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
   pip install matplotlib --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
   pip install  pysam scipy edlib scikit-build --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple

5. 执行以下命令下载pyspoa安装包。

   git clone --recursive https://github.com/nanoporetech/pyspoa.git

6. 执行以下命令进入pyspoa安装目录。

   cd pyspoa

7. 执行以下命令安装pyspoa依赖。

   pip install -r requirements.txt

8. 执行以下命令修改配置文件。

   sed -i 's/-msse4.1//g' `grep -rl 'msse4.1'`

9. 执行以下命令安装pyspoa。

   make build

10. 执行以下命令进入SVIM安装目录。

    cd ../vim

11. 执行以下命令安装SVIM 。

    pip install .