操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令使用Yum安装依赖包。
```
yum install cmake* flex* bison* bison* -y
```
执行以下命令进入“/path/to/AMBER”目录。
```
cd /path/to/AMBER
```
执行以下命令解压安装包。
```
tar -xvf AmberTools21.tar.bz2
```
执行以下命令进入解压后目录。
```
cd amber20_src
```
执行以下命令修改编译器选项。
1. 打开编译器。
```
vim amber20_src/cmake/AmberCompilerConfig.cmake
```
2. 按“i”进入编辑模式，将第136行的“gfortran”修改为“flang”。
  
  执行6.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令进入AMBER的“build”目录。
```
cd amber20_src/build
```

执行以下命令修改“run_cmake”文件的配置选项。

打开“run_cmake”文件。
```
vi run_cmake
```

按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

#  Assume this is Linux:
  CFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
CXXFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wno-c++11-narrowing -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
FCFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -I/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/include -L/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/lib -fuse-ld=lld" \
cmake $AMBER_PREFIX/amber20_src \
 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$AMBER_PREFIX/amber20 \
 -DCOMPILER=CLANG  \
 -DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
 -DDOWNLOAD_MINICONDA=FALSE -DMINICONDA_USE_PY3=FLASE \
 -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
 -DCMAKE_C_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
  -DCMAKE_CXX_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wno-c++11-narrowing -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
  -DCMAKE_Fortran_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -I/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/include -L/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/lib -fuse-ld=lld" \
   2>&1 | tee  cmake.log

按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令修改“se_etimer.F”配置文件。
1. 打开“se_etimer.F”配置文件。
```
vi ../../amber20_src/AmberTools/src/sebomd/se_etimer.F
```
2. 按“i”进入编辑模式，注销第28行的内容“tnow = 0.01*mclock()”，并新增如下内容。
```
call cpu_time(tnow)
```
  执行9.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令编译AmberTools。
```
./run_make
```
执行以下命令进行安装。
```
make install
```
执行以下命令配置环境变量。
```
source /path/to/AMBER/amber20/amber.sh
```

编译和安装

操作步骤