操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令进入“/path/to/BEAGLE”目录。
```
cd /path/to/BEAGLE
```

执行以下命令创建并编辑脚本文件。

创建“test.sh”脚本文件。
```
vi test.sh
```

按“i”进入编辑模式，将以下内容添加到脚本中。

#!/bin/sh
echo
echo "*** Creating test files: ref.27Apr20.b81.vcf.gz target.27Apr20.b81.vcf.gz ***"
echo
zcat test.27Apr20.b81.vcf.gz | cut -f1-190 | tr '/' '|' | gzip > ref.27Apr20.b81.vcf.gz
zcat test.27Apr20.b81.vcf.gz | cut -f1-9,191-200 | gzip > target.27Apr20.b81.vcf.gz

echo
echo "*** Running test analysis with \"gt=\" argument ***"
echo
java -jar beagle.27Apr20.b81.jar gt=test.27Apr20.b81.vcf.gz out=out.gt

echo
echo "*** Running test analysis with \"ref=\" and \"gt=\" arguments ***"
echo
java -jar beagle.27Apr20.b81.jar ref=ref.27Apr20.b81.vcf.gz gt=target.27Apr20.b81.vcf.gz out=out.ref

echo
echo "*** Making \"bref3\" file ***"
echo
java -jar bref3.27Apr20.b81.jar ref.27Apr20.b81.vcf.gz > ref.27Apr20.b81.bref3

echo
echo "*** Running test analysis with \"bref3\" file ***"
echo
java -jar beagle.27Apr20.b81.jar ref=ref.27Apr20.b81.bref3 gt=target.27Apr20.b81.vcf.gz out=out.bref3

java -Xmx [ GB ] g -jar beagle.jar [ arguments ]

“[GB]”是内存池的上限，以GB为单位，“[arguments]”是一些用空格分隔的参数值。
“[arguments]”有两个参数在使用时必须添加：
- “gt = [file] ”指定一个vcf文件，其中包含研究样品的基因型数据。
- “out = [字符串] ”指定输出文件名前缀。
更多参数的使用请查看官方文档：http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle_5.1_08Nov19.pdf。

按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令为脚本添加可执行权限。
```
chmod a+x test.sh
```

执行以下命令运行脚本。

./test.sh

运行完成后输出的结果示例如下所示，该结果也会保存至生成的“.log”日志文件中。

Cumulative Statistics:

Study markers:           1,356

Haplotype phasing time:        1 second
Total time:                    1 second

End time: 10:33 AM CST on 09 May 2020
beagle.27Apr20.b81.jar finished

运行和验证

操作步骤