安装BWA

前提条件

已获取“sse2neon.h”文件，获取路径：https://github.com/DLTcollab/sse2neon/blob/master/sse2neon.h。

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压BWA安装包。

   tar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2

3. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd bwa-0.7.17

4. 执行以下命令修改“Makefile”文件。
   1. 打开“Makefile”文件。

      vi Makefile

   2. 按“i”进入编辑模式，修改文件的第1和14行的内容。

      CC=               /path/to/GNU/bin/gcc
      INCLUDES=       -I/path/to/GNU/gcc/include

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

5. 执行以下命令修改“ksw.c”文件。
   1. 打开“ksw.c”文件。

      vi ksw.c

   2. 按“i”进入编辑模式，编辑文件的第29和30行的内容。

      /*#include <emmintrin.h>*/
       #include <sse2neon.h>

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

6. 执行以下命令将“Neon指令转换代码”拷贝到编译器特定目录下。

   cp sse2neon.h /path/to/GNU/gcc/include

7. 执行以下命令进行编译。

   make

8. 执行以下命令设置BWA的环境变量。

   export PATH=/path/to/BMA/bwa-0.7.17:$PATH

9. 执行以下命令验证BWA安装是否成功。

   bwa

   显示类似如下BWA使用信息，说明安装成功。

   bwa <command> [options]