安装Samtools

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令解压Samtools安装包。

    tar -xvf samtools-0.1.9.tar.bz2

  3. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd samtools-0.1.9

  4. 执行以下命令安装依赖包。

    yum install xz-devel-5.2.2-1.el7.aarch64 bzip2-devel-1.0.6-13.el7.aarch64 ncurses-devel.aarch64 -y

  5. 执行以下命令进行配置。

    ./configure --prefix=/path/to/SAMTOOLS

  6. 执行以下命令进行编译。

    make
    make install

  7. 执行以下命令设置Samtools的环境变量。

    export PATH=/path/to/SAMTOOLS/bin:$PATH

  8. 执行以下命令验证Samtools安装是否成功。

    samtools

    显示类似如下Samtools使用信息,说明安装成功。

    Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
    Version: 0.1.9 (r183)
    
    Usage:   samtools <command> [options]