编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入源码包目录。

   cd /path/to/psipred

3. 执行以下命令解压安装包并进入解压后的目录。

   tar xvf v4.0.tar.gz
   cd psipred-4.0/src

4. 执行以下命令进行编译。

   make -j
   make install

5. 执行以下命令进入解压目录。

   cd ../BLAST+

6. 执行以下命令新建并进入数据库目录。

   mkdir database && cd database

7. 执行以下命令下载并使用数据库。

   wget http://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz
   gunzip swissprot.gz
   makeblastdb -dbtype prot -in swissprot -out swissprot

8. 执行以下命令修改运行文件。
   1. 打开“runpsipredplus”文件。

      cd ..
      vim runpsipredplus

   2. 按“i”进入编辑模式，将第14、17行修改成以下内容。

      set dbname = /path/to/psipred-4.0/BLAST+/database/swissprot
      set ncbidir = /path/to/blast+/ncbi-blast-2.13.0+-src/c++/ReleaseMT/bin

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。