安装CTFFIND

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令获取CTFFIND安装包。

    wget https://grigoriefflab.umassmed.edu/system/tdf?path=ctffind-4.1.14.tar.gz&file=1&type=node&id=26

  3. 执行以下命令解压CTFFIND安装包。

    tar -zxvf  ctffind-4.1.14.tar.gz

  4. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd ctffind-4.1.14

  5. 执行以下命令修改“src/core/matrix.cpp”文件。

    1. 打开“src/core/matrix.cpp”文件。
      vi src/core/matrix.cpp
    2. 按“i”进入编辑模式,修改第7行的内容。

      修改前:

      7  #define _AL_SINCOS(x, s, c)  __asm__ ("fsincos" : "=t" (c), "=u" (s) : "0" (x))

      修改后:

      7 #define _AL_SINCOS(x, s, c)   s = sinf(x);  c = cosf(x);

      执行5.a之后,按“Esc”键,输入“:set nu”,按“Enter”即可显示出行号。

    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  6. 执行以下命令进行编译安装。

    yum install -y libjpeg* libtiff* fftw*
    autoreconf -f -i
    ./configure --prefix=/path/to/ctffind --disable-mkl --enable-openmp --enable-debugmode

  7. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

    1. 打开“Makefile”文件。
      vi Makefile
    2. 按“i”进入编辑模式,将CFLAGS CPPFLAGS CXXFLAGS中的-O2修改为-O0。

      修改前:

      296 CFLAGS = -g -O2
      297 CPP = clang -E
      298 CPPFLAGS = -O2 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG
      299 CXX = clang++
      300 CXXCPP = clang++ -E
      301 CXXDEPMODE = depmode=gcc3
      302 CXXFLAGS = -O2 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG  -fopenmp

      修改后:

      296 CFLAGS = -g –O0
      297 CPP = clang -E
      298 CPPFLAGS = -O0 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG
      299 CXX = clang++
      300 CXXCPP = clang++ -E
      301 CXXDEPMODE = depmode=gcc3
      302 CXXFLAGS = -O0 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG  -fopenmp
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  8. 执行以下命令进行编译安装。

    make & make install

  9. 执行以下命令配置环境变量。

    export PATH=/path/to/install/ctffind/bin:$PATH