编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入主程序安装目录。

   cd /path/to/AMBER

3. 执行以下命令解压安装包。

   tar -jxvf Amber20.tar.bz2
   tar -jxvf AmberTools21.tar.bz2

4. 执行以下命令进入解压后路径。

   cd amber20_src/build

5. 执行以下命令修改配置文件。

   vim run_cmake

   修改第42、43行，设置-DMPI=TRUE -DCUDA=TRUE -DDOWNLOAD_MINICONDA=FALSE。

   

6. 执行以下命令开始编译安装。

   ./run_cmake
   make -j40 install

7. 执行以下命令查看是否生成可执行文件。

   ll /path/to/install/AMBER/bin/pmemd

8. 执行以下命令设置环境变量。

   source /path/to/install/AMBER/amber.sh