运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入测试目录。

   cd /path/to/CASE

3. 执行以下命令解压算例文件。

   tar -zxvf  Amber20_Benchmark_Suite.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd PME/Cellulose_production_NPT_4fs/

5. 执行以下命令运行Amber测试。

   cp ../Coordinates/Cellulose.inpcrd inpcrd
   cp ../Topologies/Cellulose.prmtop prmtop

   mpirun -np 96 $AMBERHOME/exe/pmemd -O -i mdin.CPU -o mdout.CPU -p prmtop -c inpcrd

   $AMBERHOME/exe/pmemd.cuda -O -i mdin.GPU -o mdout.GPU -p prmtop -c inpcrd

   需要查看日志文件mdout.CPU中的“Performance”中的“ns/day”数值，单位是“ns/day”，数值越高性能越优。

   测试结果样例如下信息所示。

   Final Performance Info:
   |     -----------------------------------------------------
   |     Average timings for last      10 steps:
   |     Elapsed(s) =      40.80 Per Step(ms) =    4079.94
   |         ns/day =       0.08   seconds/ns = 1019985.72
   |
   |     Average timings for all steps:
   |     Elapsed(s) =     783.10 Per Step(ms) =    3915.48
   |         ns/day =       0.09   seconds/ns =  978871.00