编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入源码包目录。

   cd /path/to/AlphaFold

3. 执行以下命令解压安装包。

   tar -xvf alphaFold-xxx.tar.gz

   

   “xxx”表示软件版本号。

4. 执行以下命令进入解压后路径。

   cd alphafold

5. 执行以下命令进行安装。

   pip3 install --upgrade pip
   && pip3 install -r ./requirements.txt
   && pip3 install --upgrade "jax[cuda111]" -f
   https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_releases.html
   && pip3 install jaxlib==0.1.70+cuda111 -f
   https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_releases.html
   # work_path=/path/to/alphafold-code
   work_path=$(PWD)
   # update openmm
   a=$(which python)
   cd $(dirname $(dirname $a))/lib/python3.8/site-packages
   patch -p0 < $work_path/docker/openmm.patch

6. 执行以下命令下载database脚本。

   wget https://github.com/kalininalab/alphafold_non_docker/blob/main/download_db.sh

7. 执行以下命令开始下载alphafold_data数据文件。

   bash download_db.sh -d </home/johndoe/alphafold_data>