安装ProtHint

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“/path/to/BRAKER”目录。

   cd /path/to/BRAKER

3. 执行以下命令下载并解压ProtHint安装包。

   wget https://github.com/gatech-genemark/ProtHint/archive/refs/tags/v2.6.0.tar.gz
   tar xvf v2.6.0.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd ProHint-2.6.0

5. 执行以下命令下载依赖包。

   wget https://github.com/ogotoh/spaln/archive/refs/tags/veer.2.4.9b.tar.gz

6. 执行以下命令解压依赖包。

   tar xvf veer.2.4.9b.tar.gz

7. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd spaln-veer.2.4.9b/src

8. 执行以下命令进行配置。

   CXX=g++ ./configure

9. 执行以下命令修改“codepot.h”文件。
   1. 打开“codepot.h”文件。

      vi codepot.h

   2. 按“i”进入编辑模式，修改第37行的内容。

      修改前：

      

      修改后：

      

      

      执行9.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
10. 执行以下命令进行编译安装。

    make
    make install

11. 执行以下命令加载环境变量。

    export PATH=/path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/bin:$PATH

12. 执行以下命令进入“ProHint-2.6.0”目录。

    cd /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0

13. 执行以下命令下载“spaln-boundary-scorer.git”。

    git clone https://github.com/gatech-genemark/spaln-boundary-scorer.git

14. 执行以下命令解压安装包。

    tar xvf spaln-boundary-scorer.git

15. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd spaln-boundary-scorer

16. 执行以下命令修改“Makefile”文件。
    1. 打开“Makefile”文件。

       vi Makefile

    2. 按“i”进入编辑模式，将第1行的内容修改为“CC=clang++”。
    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
17. 执行以下命令进行编译。

    make

18. 执行以下命令设置环境变量。

    export PATH=/path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-boundary-scorer:$PATH

19. 执行以下命令替换依赖。

    cd /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/dependencies
    rm -rf spaln_table spaln spaln-boundary-scorer diamond
    cp -r /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/table spaln_table
    cp /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/bin/spaln .
    cp /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-boundary-scorer/spaln-boundary-scorer .

20. 将表1中安装DIAMOND完成后生成的可执行文件“diamond”拷贝到当前目录。