编译和安装

前提条件

已获取“SSE2NEON.h”文件，获取路径：https://github.com/jratcliff63367/sse2neon。

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入BWA安装包所在目录。

   cd /path/to/BWA

3. 执行以下命令解压BWA安装包。

   tar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd bwa-0.7.17

5. 执行以下命令将“sse2neon.h”拷贝到编译器的安装目录下。

   cp SSE2NEON.h /path/to/GNU/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include

6. 执行以下命令修改“Makefile”文件。
   1. 打开“Makefile”文件。

      vi Makefile

   2. 按“i”进入编辑模式，修改第14行的内容。

      INCLUDES= -I/path/to/GNU/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include

      

      请根据实际情况修改“include”的路径，该路径为GNU编译器的“include”目录。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令修改“ksw.c”文件。
   1. 打开“ksw.c”文件。

      vi ksw.c

   2. 按“i”进入编辑模式，修改第29行的内容。

      include <SSE2NEON.h>

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
8. 执行以下命令进行编译。

   make

9. 执行以下命令加载BWA环境。

   export PATH=/path/to/BWA/bwa-0.7.17:$PATH