安装PETSc

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 将metis、parmetis、f2cblaslapack、sundials的软件包上传至“/path/to/PETSC”路径下。
3. 执行以下命令解压PETSc安装包。

   cd /path/to/PETSC
   tar -xvf petsc-lite-3.6.2.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd petsc-3.6.2

5. 执行以下命令加载环境变量。

   export CC=`which gcc`
   export CXX=`which g++`
   export FC=`which gfortran`

6. 执行以下命令进行配置。

   ./configure --with-make-np=4 --with-fc=0 --with-x=false --with-ssl=false --download-f2cblaslapack=/path/to/PETSC/f2cblaslapack-3.4.2.q1.tar.gz --download-parmetis=/path/to/PETSC/parmetis-4.0.3-p2.tar.gz --download-sundials=/path/to/PETSC/sundials-2.5.0p1.tar.gz --with-shared-libraries --with-mpi-dir=$MPI_DIR --download-metis=/path/to/PETSC/metis-5.1.0-p1.tar.gz --download-hdf5=/path/to/PETSC/hdf5-1.8.16.tar.bz2

   

   • 此处在参数中使用“--download”，使用该参数后将指定的其他软件包一并安装。
   • “--download”参数在使用时可以是”--download-hdf5=1”这种格式，也可以是指定路径的格式，前者从网络下载软件包后安装，后者直接安装指定路径中的软件包。
   • 若执行6时出现故障排除章节中问题一：petsc配置过程中报错的报错，请参考问题一：petsc配置过程中报错进行处理，修改完成后重新执行6。
7. 执行以下命令进行安装。

   make

8. 执行以下命令设置环境变量。

   export PETSC_DIR=/path/to/PETSC/petsc-3.6.2
   export PETSC_ARCH=linux-gnu
   export SUNDIALS_ROOT=$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH
   export HDF5_ROOT=$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH