编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压源码包。

   cd /path/to/CHASTE
   tar -xvf Chaste-release_2019.1.tar.gz

3. 执行以下命令修改“translators.py”文件。
   1. 打开“translators.py”文件。

      vim /path/to/CHASTE/Chaste-release_2019.1/python/pycml/translators.py

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      将第1830行取消注释，将第1831行注释掉。

      将第1838行取消注释，将第1839行注释掉。

      修改前：

      1830                 #self.writeln('std::cout << "Too small: ', self.code_name(var), ' = " << ', self.code_name(var) , ' << std::endl << std::flush;')
      1831                 self.writeln(error_template.format(self.var_display_name(var)))
      1832                 self.close_block(False)
      1833             for var in high_range_vars:
      1834                 if using_cvode:
      1835                     additional_tolerance_adjustment = ' + tol'
      1836                 self.writeln('if (', self.code_name(var), ' > ', var.get_rdf_annotation(high_prop), additional_tolerance_adjustment, ')')
      1837                 self.open_block()
      1838                 #self.writeln('std::cout << "Too large: ', self.code_name(var), ' = " << ', self.code_name(var) , ' << std::endl << std::flush;')
      1839                 self.writeln(error_template.format(self.var_display_name(var)))

      修改后：

      1830                 self.writeln('std::cout << "Too small: ', self.code_name(var), ' = " << ', self.code_name(var) , ' << std::endl << std::flush;')
      1831                 #self.writeln(error_template.format(self.var_display_name(var)))
      1832                 self.close_block(False)
      1833             for var in high_range_vars:
      1834                 if using_cvode:
      1835                     additional_tolerance_adjustment = ' + tol'
      1836                 self.writeln('if (', self.code_name(var), ' > ', var.get_rdf_annotation(high_prop), additional_tolerance_adjustment, ')')
      1837                 self.open_block()
      1838                 self.writeln('std::cout << "Too large: ', self.code_name(var), ' = " << ', self.code_name(var) , ' << std::endl << std::flush;')
      1839                 #self.writeln(error_template.format(self.var_display_name(var)))

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
4. 执行以下命令编译安装Chaste。

   cd /path/to/CHASTE
   mkdir chaste_build
   cd chaste_build
   cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/CHASTE/chaste_build /path/to/CHASTE/Chaste-release_2019.1 -DBoost_INCLUDE_DIR=/path/to/CHASTE/CHASTE_LIBS/boost_1_58_0/build/include
   make -j48 Continuous
   make install
   export PATH=/path/to/CHASTE/chaste_build/apps:$PATH