安装Samtools

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入Samtools安装目录。

   cd /path/to/SAMTOOL

3. 执行以下命令解压Samtools安装包。
   

   需要分别安装Samtool和htslib，避免使用包含htslib的Samtools，否则编译中会出现报错。

   tar -xvf samtools-0.1.19.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd samtools-0.1.19

5. 执行以下命令获取GNU的绝对路径。

   which gcc

6. 执行以下命令修改“Makefile”文件。
   1. 打开“Makefile”文件。

      vi Makefile

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      修改前：

      CC     = gcc 

      修改后：

      CC     = /path/to/GNU/bin/gcc 

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令进行编译安装。

   make

8. 执行以下命令将生成的二进制文件拷贝到根目录默认路径中，可以使Cufflinks直接识别Samtools及htslib文件。

   mkdir /usr/local/include/bam
   cp /path/to/SAMTOOL/samtools-0.1.19/libbam.a /usr/local/lib
   cp /path/to/SAMTOOL/samtools-0.1.19/*.h /usr/local/include/bam/
   cp /path/to/SAMTOOL/samtools-0.1.19/samtools /usr/bin/