故障排除

问题一：编译Cufflinks时报undefined reference to lzma错误

现象描述：

编译Cufflinks时报错，报错信息为：“undefined reference to 'lzma_stream_buffer_bound'”。

可能原因：

没有安装lzma相关依赖包。

处理步骤：

执行以下命令安装“xz-devel.aarch64”。

yum install xz-devel.aarch64

问题二：编译Cufflinks时报could not detect bam错误

现象描述：

编译Cufflinks时报错，报错信息为：“error:we could not detect bam”。

可能原因：

• “configure”文件中判断设置错误；
• “configure”文件中指定通过<bam/version.hpp>来判断bam版本。

处理步骤：

• “configure”文件中判断设置错误。
  执行以下命令修改“configure”文件。

  1. 打开“configure”文件。

     vi configure

  2. 按“i”进入编辑模式，修改文件的第5380行，将“no”改为“yes”。

     succeeded=yes

  3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
• “configure”文件中指定通过<bam/version.hpp>来判断bam版本，事实上bam的“version”文件为“version.h”。
  执行以下命令修改“configure”文件。

  1. 打开“configure”文件。

     vi configure

  2. 按“i”进入编辑模式，将“bam/version.hpp”改为“bam/version.h”。

     bam/version.h

  3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

问题三：编译Cufflinks时报could not find htslib错误

现象描述：

编译Cufflinks时报错，报错信息为：“make提示找不到htslib”。

可能原因：

使用了samtools内置htslib，当前版本不支持内置版本。

处理步骤：

需要在独立安装htslib，将生成的“libhts.*”复制到“lib”路径中。

执行以下命令安装htslib。

tar -xvf htslib-1.9.tar.bz2
cd htslib-1.9
make
cp libhts.* /usr/local/lib

问题四：编译Cufflinks时报GHash.hh:91:44: error错误

现象描述：

编译Cufflinks时报错，报错信息为：

GHash.hh:91:44: error: type/value mismatch at argument 1 in template parameter list for ‘template<class _Tp> struct std::hash’
91 |     while (pos<fCapacity && hash[pos].hash<0) pos++;
|                                            ^

可能原因：

Cufflinks源码bug，已在最新master版本中修正。

处理步骤：

请下载最新的Cufflinks安装包。

下载地址：https://codeload.github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks/zip/master

问题五：运行测试时报error while loading shared libraries错误

现象描述：

运行测试时报错，报错信息类似：“error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory”。

可能原因：

未增加htslib环境变量。

处理步骤：

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令指定htslib地址。

   export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/HTSLIB/htslib-1.9:$LD_LIBRARY_PATH