编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入DBG2OLC源码位置并编译。

   cd DBG2OLC
   clang++ -O3 -o DBG2OLC *.cpp

3. 执行以下命令进入Sparc源码位置并编译。

   cd Sparc
   clang++ -O3 -o Sparc *.cpp

4. 执行以下命令进入AssemblyUtility源码位置并编译。

   cd AssemblyUtility
   clang++ -o AssemblyStatistics  -O3 AssemblyStatistics.cpp
   clang++ -o SelectLongestReads  -O3 SelectLongestReads.cpp

5. 执行以下命令进入SparseAssembler源码位置并编译。

   cd SparseAssembler
   clang++ -O3 -o SparseAssembler *.cpp

6. 执行以下命令进入blasr-master源码位置。

   cd blasr-master

7. 执行以下命令安装hdf5。

   yum install -y hdf5 hdf5-devel

8. 执行以下命令修改“common.mk”文件。
   1. 打开“common.mk”文件。

      vi common.mk

   2. 按“i”进入编辑模式，注释第19行的内容，添加第20行的内容。

      

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
9. 执行以下命令修改“jabon/Makefile”文件。
   1. 打开“jabon/Makefile”文件。

      vi jabon/Makefile

   2. 按“i”进入编辑模式，注释第5行的内容，添加第6行的内容。

      

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
10. 执行以下命令进行编译。

    make -j

11. 在“DBG2OLC”目录下执行以下命令拷贝可执行文件到特定路径。

    mkdir compiled
    cp ../AssemblyUtility/AssemblyStatistics compiled
    cp ../AssemblyUtility/SelectLongestReads compiled
    cp ../Sparc/Sparc compiled
    cp ../SparseAssembler/SparseAssembler compiled
    cp ../blasr-master/alignment/bin/blasrmc compiled

12. 执行以下命令配置环境变量。

    export PATH= /home/hpc/DBG2OLC/compiled:/home/hpc/DBG2OLC/utility:$PATH