运行和验证
操作步骤(命令行使用方法)
- 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
- 执行以下命令创建测试目录。
mkdir -p /path/to/FASTQC/test
- 执行以下命令复制测试算例到测试目录,并进入测试目录。
cp SRR742200_1.fastq.gz /path/to/FASTQC/test cd /path/to/FASTQC/test
- 执行以下命令解压测试算例。
gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
- 执行以下命令运行测试。
/path/to/FASTQC/FastQC/fastqc -o ./ ./SRR742200_1.fastq
- 运行完成后会生成“SRR742200_1_fastqc.html”和“SRR742200_1_fastqc.zip”,执行以下命令可查看文件是否存在。
ll
使用浏览器打开“html”文件查看结果。
操作步骤(图形界面使用方法)
- 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
- 执行以下命令登录图形化界面。
/path/to/FASTQC/FastQC/fastqc
- 单击左上角 ,选择算例。
- 选择算例后单击“Open”,显示如下图则表示在运行测试。
结果样例如图1所示。