编译和安装

操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。

执行以下命令解压HISAT2安装包。

cd /path/to/HISAT2
tar -xvf hisat2-2.1.0.tar.gz
cd hisat2-2.1.0

执行以下命令设置环境变量。

export NO_TBB=1
export POPCNT_CAPABILITY=0

执行以下命令修改“Makefile”文件。
1. 打开“Makefile”文件。
```
vi Makefile
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改文件的“BITS=64 aarch64”分支，在第140和141行之间插入以下粗体部分内容。
  目前“BITS=64”只支持x86，不支持aarch64，需要新增一个aarch64的分支。
  修改前：
```
BITS=32
ifeq (x86_64,$(shell uname -m))
BITS=64
endif
```
  修改后：
```
BITS=32
ifeq (x86_64,$(shell uname -m))
BITS=64
endif
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
BITS=64
endif
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令修改“Makfile”文件。
1. 打开“Makefile”文件。
```
vi Makefile
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改文件的-m64以及-msse2的aarch64分支，在第159和160行之间插入以下粗体部分内容。
  “Makefile”编译选项-m64/-msse2只支持x86，不支持aarch64，需要增加aarch64分支。
  修改前（源文件149 ~156行）：
```
ifeq (32,$(BITS))
        BITS_FLAG = -m32
endif
 
ifeq (64,$(BITS))
        BITS_FLAG = -m64
endif
SSE_FLAG=-msse2
```
  修改后：
```
ifeq (32,$(BITS))
        BITS_FLAG = -m32
endif
 
ifeq (64,$(BITS))
        BITS_FLAG = -m64
endif
SSE_FLAG=-msse2
 
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
        BITS_FLAG =
        SSE_FLAG =
endif
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令修改“Makefile”文件。

打开“Makefile”文件。
```
vi Makefile
```

按“i”进入编辑模式，修改文件的FLAGS参数。

修改前：

EXTRA_FLAGS += -DPOPCNT_CAPABILITY
DEBUG_FLAGS    = -O0 -g3 $(BIToS_FLAG) $(SSE_FLAG) 
DEBUG_DEFS     = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(DEBUG_FLAGS) $(EXTRA_FLAGS)\""
RELEASE_FLAGS  = -O3 $(BITS_FLAG) $(SSE_FLAG) -funroll-loops -g3 
RELEASE_DEFS   = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(RELEASE_FLAGS) $(EXTRA_FLAGS)\""
NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
FILE_FLAGS     = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE

修改后：

EXTRA_FLAGS += 
DEBUG_FLAGS    = -O0 -g3 $(BIToS_FLAG) $(SSE_FLAG) -funroll-loops -std=c++98
DEBUG_DEFS     = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(DEBUG_FLAGS) $(EXTRA_FLAGS)\""
RELEASE_FLAGS  = -O3 $(BITS_FLAG) $(SSE_FLAG) -funroll-loops -g3 -std=c++98 -Xlinker --allow-multiple-definition
RELEASE_DEFS   = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(RELEASE_FLAGS) $(EXTRA_FLAGS)\""
NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
FILE_FLAGS     = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE

按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令修改“Makefile”文件。
1. 打开“Makefile”文件。
```
vi Makefile
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改文件的第23行INC参数。
  修改前：
```
INC = 
```
  修改后：
```
INC = -I.
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令修改“aligner_sw.h”和“sse_util.h”头文件。
1. 打开“aligner_sw.h”头文件。
```
vi aligner_sw.h
```
2. 按“i”进入编辑模式，将“#include <emmintrin.h>”替换为“#include <sse2neon.h>”。
  修改前：
```
#include <emmintrin.h>
```
  修改后：
```
#include <sse2neon.h>
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
4. 修改“sse_util.h”文件，详细请参考8.a~8.c。

执行以下命令下载“sse2neon.h”头文件。

wget https://raw.githubusercontent.com/DLTcollab/sse2neon/master/sse2neon.h

执行以下命令进行编译安装。
```
make
```

父主题： HISAT2 2.1.0 移植指南（CentOS 7.6）