编译安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建并启用kb_python的conda环境。

   conda activate base
   conda create -n kb
   conda activate kb
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
   conda config --add channels conda-forge
   conda config --set show_channel_urls yes
   conda update -n base -c defaults conda

   

   “conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/”为可选。若通过conda安装软件时，网速较慢，可执行该命令添加国内conda源。

3. 执行以下命令安装Python环境。

   conda install python=3.8
   pip install Cython --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple

4. 执行以下命令安装PYSAM。

   cd /home
   git clone https://github.com/pysam-developers/pysam.git
   cd pysam
   yum install zlib-devel
   yum install bzip2-devel
   python setup.py install

5. 执行以下命令安装tables。

   conda install h5py python-blosc
   pip install tables

6. 执行以下命令安装kb-python。

   cd /home/kb_python
   pip install -r requirements.txt
   pip install -r dev-requirements.txt
   python setup.py install

7. 执行以下命令验证kb-python。

   kb info

   显示如下信息，则表示kb-python安装成功：

   

   • 若返回“OSError: [Errno 8] Exec format error: '/root/anaconda3/envs/kb/lib/python3.8/site-packages/kb_python-0.26.4 -py3.8.egg/kb_python/bins/linux/kallisto/kallisto'”报错，则执行以下命令：

     ln -sf /usr/local/bin/bustools /root/anaconda3/envs/kb/lib/python3.8/site-packages/kb_python-0.26.4-py3.8.egg/kb_python/bins/linux/bustools/bustools

   • 若返回“OSError: [Errno 8] Exec format error: '/root/anaconda3/envs/kb/lib/python3.8/site-packages/kb_python-0.26.4-py3.8.egg/kb_python/bins/linux/bustools/bustools'”报错，则执行以下命令：

     ln -sf /usr/local/bin/kallisto /root/anaconda3/envs/kb/lib/python3.8/site-packages/kb_python-0.26.4-py3.8.egg/kb_python/bins/linux/kallisto/kallsto