运行和验证
操作步骤
- 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
- 执行以下命令设置环境变量。
export PATH=/path/to/KMERSGWAS/kmersGWAS-0.2-beta/bin:$PATH export PATH=/path/to/R/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/OPENBLAS/lib:$LD_LIBRARY_PATH
- 执行以下命令进入算例目录解压算例并将算例移动到指定目录。
cd /path/to/CASE tar -zxf A_thaliana_1001G_kmers_table.tar.gz mv A_thaliana_1001G_kmers_table /path/to/KMERSGWAS/kmersGWAS-0.2-beta/examples/flowering_time_arabidopsis/
- 执行以下命令进入算例执行目录。
cd /path/to/KMERSGWAS/kmersGWAS-0.2-beta/examples/flowering_time_arabidopsis/
- 执行以下命令运行算例。
{ time python2.7 ../../kmers_gwas.py --pheno FT10.pheno --kmers_table A_thaliana_1001G_kmers_table/kmers_table -l 31 -p 128 --outdir run_GWAS_FT10_kp_`date '+%Y%m%d%H%M%S'`; } 2>&1 | tee -a `hostname`_`date '+%Y%m%d%H%M%S'`.log运行结果信息示例如图1所示。
