编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建NAMD相关目录。

   cd /path/to/NAMD
   mkdir NAMD-2.13
   cd NAMD-2.13
   mkdir build install
   export BUILD_DIR=`pwd`/build
   export INSTALL_DIR=`pwd`/install

3. 执行以下命令设置编译器环境变量。

   export CC=`which gcc`
   export CXX=`which g++`
   export FC=`which gfortran`

4. 执行以下命令编译安装CHARM。

   cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
   tar -xvf charm-6.9.0.tar.gz
   cd charm-6.9.0
   mkdir ${INSTALL_DIR}/charm690/
   cp src/arch/mpi-linux-x86_64 src/arch/mpi-linux-arm8 -rf
   grep -rl 'm64' src/arch/mpi-linux-arm8 | xargs sed -i 's/\-m64//g'
   ./build charm++ mpi-linux-arm8 smp --with-production --destination=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690/mpi-linux-arm8

5. 执行以下命令解压NAMD安装包。

   cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
   tar -zxvf NAMD_2.13_Source.tar.gz
   cd NAMD_2.13_Source

6. 执行以下命令创建“Linux-ARM64.fftw3”。

   cp arch/Linux-x86_64.fftw3 arch/Linux-ARM64.fftw3

7. 执行以下命令上传和解压“tcl”文件。

   cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13
   tar -xvf tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz

8. 执行以下命令修改“Make.charm”文件。
   1. 打开“Make.charm”文件。

      cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
      vi Make.charm

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      CHARMBASE = /path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690

      

      将CHARMBASE的路径修改为CHARM的实际安装路径。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
9. 执行以下命令修改“Linux-ARM64-g++.arch”文件。
   1. 打开“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

      cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
      vi arch/Linux-ARM64-g++.arch

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      NAMD_ARCH = Linux-ARM64 
      CHARMARCH = mpi-linux-arm8 
       
      #FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer -march=armv7-a -mcpu=cortex-a9 -mtune=cortex-a9 
      FLOATOPTS = -O3 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer -march=armv8-a 
       
      CXX = g++ -std=c++11 
      CXXOPTS = $(FLOATOPTS) 
      CXXNOALIASOPTS = $(FLOATOPTS) -fno-strict-aliasing 
       
      CC = gcc 
      COPTS = $(FLOATOPTS)

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
10. 执行以下命令配置NAMD。

    ./config Linux-ARM64-g++ --with-fftw3 --fftw-prefix /path/to/FFTW --with-tcl --tcl-prefix /path/to/NAMD/NAMD-2.13/tcl8.5.9-linux-arm64-threaded --charm-arch mpi-linux-arm8
    cd Linux-ARM64-g++

11. 执行以下命令编译安装NAMD。

    make -j

12. 执行以下命令查看是否生成可执行文件。

    ll /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/namd2

    -rwxr-xr-x 1 root root 16140248 Aug  7 15:50 namd2