运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令设置NAMD执行文件的环境变量。

   export PATH=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/:$PATH

3. 执行以下命令进入测试算例存放目录。

   cd /path/to/CASE

4. 执行以下命令解压算例文件。

   tar -xf apoa1.tar.gz

5. 执行以下命令修改算例文件。
   1. 打开算例文件。

      vi apoa1/apoa1.namd

   2. 按“i”进入编辑模式，将以下内容添加至文件的最后。

      FFTWEstimate yes
      FFTWUseWisdom no

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令运行测试。

   cd apoa1
   mpirun --allow-run-as-root --mca btl ^openib -np 1 namd2 +ppn 96 apoa1.namd +setcpuaffinity 2>&1 |tee -a namd.log

   需要查看日志“namd.log”中最后一个“Info:Benchmark time中的days/ns”数值，单位是“days/ns”，数值越小性能越优（也可以转换成“ns/days”的数值，越高性能越好）。

   测试结果样例如图1所示。

   图1 测试样例