编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入主程序安装目录。

   cd /path/to/NAMD

3. 执行以下命令解压NAMD安装包。

   tar -xvf NAMD_2.14_Source.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的“NAMD_2.14_Source”目录。

   cd NAMD_2.14_Source

5. 执行以下命令解压“charm-6.10.2.tar”安装包。

   tar xvf charm-6.10.2.tar

6. 执行以下命令进入解压后的“charm-6.10.2”目录。

   cd charm-6.10.2

7. 执行以下命令进行配置。

   ./build charm++ multicore-arm8 clang  flang  --with-production

8. 执行以下命令进入解压后路径。

   cd  multicore-arm8-flang-clang/tests/charm++/megatest/

9. 执行以下命令安装组件。

   make pgm
   ./pgm +p4

10. 执行以下命令修改FFTW、TCL配置项。
    1. 复制FFTW3的模板。

       cd /path/to/NAMD
       cp arch/Linux-x86_64.fftw3 arch/Linux-ARM64.fftw

    2. 打开arch/Linux-ARM64.fftw文件。

       vi arch/Linux-ARM64.fftw

    3. 按“i”进入编辑模式，修改将路径“FFTDIR”修改为“/usr”。

       FFTDIR=/usr

    4. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
    5. 打开“arch/Linux-ARM64.tcl”文件。

       vi arch/Linux-ARM64.tcl

    6. 按“i”进入编辑模式，将路径“TCLDIR”修改为“/usr”，库文件版本修改为“-ltcl8.6”。

       TCLDIR=/usr
       TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.6 -ldl -lpthread

    7. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
11. 执行以下命令编译NAMD。

    ./config Linux-ARM64-g++ --charm-arch multicore-arm8-flang-clang --with-cuda --cxx clang++ --cc clang
    cd Linux-ARM64-g++/
    make

    编译完成后在当前目录下生成“namd2”执行程序。