编译和安装
操作步骤
- 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
- 执行以下命令进入安装目录并解压软件包。
cd /path/to/PLATANUS && tar -zxf Platanus_v1.2.4.tar.gz && cd Platanus_v1.2.4
- 执行以下命令修改“Makefile”文件。
- 执行以下命令修改“counter.h”文件。
- 打开“counter.h”文件。
vi counter.h
- 按“i”进入编辑模式,修改第426、455、684行的内容。
426 countKmerOrWriteTemporary(loopFlag, key, tmpOccurrenceTable, unmappedFP, lock, kmer); 455 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, DoubleHash<typename KMER::keyType, unsigned short> tmpOccurrenceTable[], FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes=32) 684 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes=32)
修改后:
426 countKmerOrWriteTemporary(loopFlag, key, tmpOccurrenceTable, unmappedFP, lock, kmer, 32); 455 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, DoubleHash<typename KMER::keyType, unsigned short> tmpOccurrenceTable[], FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes) 684 inline void Counter<KMER>::countKmerOrWriteTemporary(bool &loopFlag, const typename KMER::keyType &key, FILE *unmappedFP, omp_lock_t lock[], const KMER &kmer, const unsigned iterateTimes)
- 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。
- 打开“counter.h”文件。
- 执行以下命令修改“graph.h”文件。
- 执行以下命令修改“scaffoldGraph.cpp”文件。
- 执行以下命令修改“baseCommand.cpp”文件。
- 执行以下命令编译安装Platanus。
make