介绍

Prodigal是一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具。可用于：

• 预测蛋白质编码基因：以GFF3、Genbank或Sequin表格式提供快速、准确的蛋白质编码基因预测。
• 处理基因组草图和宏基因组：在完成的基因组、基因组草图和宏基因组上平稳运行。
• 快速运行：在现代MacBook Pro上在10秒内分析大肠杆菌K-12基因组。
• 无监督运行：是一种无监督机器学习算法。它不需要提供任何训练数据，而是自动从序列本身学习基因组的属性，包括遗传密码、RBS基序使用、起始密码子使用和编码统计。
• 处理间隙、支架和部分基因：用户可以指定Prodigal应如何处理间隙，并有许多选项来允许或禁止基因进入或跨越间隙。
• 识别翻译起始位点：预测大多数基因的正确翻译起始位点，并可以输出有关基因组中每个潜在起始位点的信息，包括置信度得分、RBS基序等。
• 输出每个基因组的详细汇总统计数据：为每个基因组提供许多统计数据，包括重叠群长度、基因长度、GC含量、GC偏斜、使用的RBS基序以及开始和停止密码子的使用。

关于Prodigal的更多信息请访问Prodigal相关网站。

语言：C。

一句话描述：一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具。

协议：GPL-3.0 license。