安装CTFFIND

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令获取CTFFIND安装包。

   wget https://grigoriefflab.umassmed.edu/system/tdf?path=ctffind-4.1.14.tar.gz&file=1&type=node&id=26

3. 执行以下命令解压CTFFIND安装包。

   tar -zxvf  ctffind-4.1.14.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd ctffind-4.1.14

5. 执行以下命令修改“src/core/matrix.cpp”文件。
   1. 打开“src/core/matrix.cpp”文件。

      vi src/core/matrix.cpp

   2. 按“i”进入编辑模式，修改第7行的内容。

      修改前：

      7  #define _AL_SINCOS(x, s, c)  __asm__ ("fsincos" : "=t" (c), "=u" (s) : "0" (x))

      修改后：

      7 #define _AL_SINCOS(x, s, c)   s = sinf(x);  c = cosf(x);

      

      执行5.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令进行编译安装。

   yum install -y libjpeg* libtiff* fftw*
   autoreconf -f -i
   ./configure --prefix=/path/to/ctffind --disable-mkl --enable-openmp --enable-debugmode

7. 执行以下命令修改“Makefile”文件。
   1. 打开“Makefile”文件。

      vi Makefile

   2. 按“i”进入编辑模式，将CFLAGS CPPFLAGS CXXFLAGS中的-O2修改为-O0。

      修改前：

      296 CFLAGS = -g -O2
      297 CPP = clang -E
      298 CPPFLAGS = -O2 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG
      299 CXX = clang++
      300 CXXCPP = clang++ -E
      301 CXXDEPMODE = depmode=gcc3
      302 CXXFLAGS = -O2 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG  -fopenmp

      修改后：

      296 CFLAGS = -g –O0
      297 CPP = clang -E
      298 CPPFLAGS = -O0 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG
      299 CXX = clang++
      300 CXXCPP = clang++ -E
      301 CXXDEPMODE = depmode=gcc3
      302 CXXFLAGS = -O0 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG  -fopenmp

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
8. 执行以下命令进行编译安装。

   make & make install

9. 执行以下命令配置环境变量。

   export PATH=/path/to/install/ctffind/bin:$PATH