运行和验证

操作步骤

1. 执行以下命令，声明Cufflinks环境。

   export PATH=/path/to/CUFFLINKS/build/bin:$PATH

2. 执行以下命令，处理gtf算例。

   gffread hg38.gtf -o- >hg38.gff3

3. 执行以下命令，使用Maker处理gff3算例。

   /path/to/MAKER/maker/src/bin/maker2zff hg38.gff3

   当前目录下会生成文件：genome.ann(ZFF)和genome.dna。

4. 执行以下命令，使用fathom、forge处理算例。

   fathom genome.ann genome.dna -categorize 1000
   fathom uni.ann uni.dna -export 1000 -plus
   forge export.ann export.dna
   hmm-assembler.pl test . >test.hmm

5. 执行以下命令，解压并重命名算例。

   gzip -d GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz
   mv GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna hs38DH.fasta

6. 执行以下命令，进行测试。

   { time snap test.hmm hs38DH.fasta>snap.zff ; } 2>&1 |tee snap.log

   显示结果如下，则运行验证成功。