运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令拷贝用例文件并进入测试目录。

   cp SRR742200_1.fastq.gz /path/to/SOAPDENOVO/SOAPdenovo2-r241
   cp SRR742200_2.fastq.gz /path/to/SOAPDENOVO/SOAPdenovo2-r241
   cd /path/to/SOAPDENOVO/SOAPdenovo2-r241

3. 执行以下命令解压算例文件。

   gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
   gzip -d SRR742200_2.fastq.gz

4. 执行以下命令清除缓存。

   echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

5. 执行以下命令创建配置文件。
   1. 创建配置文件。

      vi config_file

   2. 按“i”进入编辑模式，添加如下内容。

      max_rd_len=100
      [LIB]
      avg_ins=200
      reverse_seq=0
      asm_flags=3
      rd_len_cutoff=100
      rank=1
      q1=SRR742200_1.fastq
      q2=SRR742200_2.fastq

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令运行用例。

   { time -p ./SOAPdenovo-63mer all -s config_file -K 63 -p 96 -R -o graph_prefix; } 2>&1 |tee  SOAPdenovo.log

   需要查看“SOAPdenovo.log”日志中的“real”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。

   输出的结果样例如图1所示。

   图1 结果样例